Licenciado em Direito pela Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa, José Pereira Fernandes prestou serviço no Estado-Maior da Força Aérea, no Estado-Maior-General das Forças Armadas, nas Forças de Segurança de Macau, no Ministério da Defesa Nacional e na Direcção Nacional da Polícia de Segurança Pública.

Director Nacional-Adjunto da Polícia de Segurança Pública, no triénio de 1999 a 2002, cargo para que foi nomeado por Despacho Conjunto do Primeiro-Ministro e do Ministro da Administração Interna, de 10 de Julho de 1999, tendo sido o primeiro civil a desempenhar um cargo de Direcção Superior nesta Força de Segurança.

Director dos Serviços Jurídicos da Direcção Nacional da Polícia de Segurança Pública, de 2002 a 2011.

Fundador, em 2007, da LIMIANA – Revista de Informação Cultura e Turismo, editada pela Casa do Concelho de Ponte de Lima, com sede em Lisboa, publicação que dirigiu durante oito anos (de Janeiro 2007 a Dezembro de 2014).

Fundador e editor do Portal Ponte de Lima Cultural, plataforma digital de promoção e divulgação do Património Cultural de Ponte de Lima, criada em 2017.

Promotor da primeira gravação em CD do Hino a Ponte de Lima, em 2007, com a participação do Orfeão Limiano, dirigido pelo Cónego Doutor António Oliveira Fernandes, e da Banda Sinfónica da Polícia de Segurança Pública, dirigida pelo Maestro Comissário José Manuel Ferreira de Brito.

Promotor da composição do Hino da Casa do Concelho de Ponte de Lima, com letra de Cláudio Lima e de Joaquim Mendeiros Pedro e música de Nuno Osório, gravado no mesmo CD, igualmente com a participação do Orfeão Limiano e da Banda Sinfónica da Polícia de Segurança Pública. 

Foi agraciado com a Medalha de Prata de Serviços Distintos atribuída por Despacho de 31 de Março de 2003 do Ministro da Administração Interna, em reconhecimento dos serviços prestados no cargo de Director Nacional-Adjunto da Polícia de Segurança Pública.

Esta medalha foi entregue a José Pereira Fernandes pelo Presidente do Supremo Tribunal de Justiça, Juiz Conselheiro José Moura Nunes da Cruz (1936–2019), na Cerimónia Solene das Comemorações do Dia da PSP, que teve lugar na Praça do Império, em Lisboa, junto ao Mosteiro dos Jerónimos, no dia 2 de Julho de 2003.

Foi distinguido pela Câmara Municipal de Ponte de Lima com um voto de gratidão e reconhecimento, aprovado por unanimidade na reunião ordinária de 19 de Janeiro de 2015, pela acção desenvolvida ao serviço de Ponte de Lima e da Casa do Concelho de Ponte de Lima, com sede em Lisboa, nomeadamente pelo lançamento e direcção da revista LIMIANA, reconhecida neste voto como “publicação que atingiu prestígio, afirmando de forma indelével a importância desta Casa Regional e contribuindo para a sua visibilidade no meio cultural lisboeta e limiano”.

Foi ainda distinguido pela Casa do Concelho de Ponte de Lima, em 22 de Fevereiro de 2015, com a categoria de Sócio Honorário, igualmente em reconhecimento pela acção desenvolvida ao serviço desta Associação e pela fundação e direcção da revista LIMIANA.